Les crevettes d'eau profonde Haliporoides triarthrus et les langoustines Metanephrops mozambicus sont endémiques à la région du sud-ouest de l'océan Indien (SWIO) et constituent la plus grande proportion des captures de crustacés d'eau profonde au chalut au Mozambique et en Afrique du Sud. Malgré leur importance économique pour ces pêcheries, on sait peu de choses sur leur distribution, leur biologie et la structure génétique de leur population. La variation génétique des métapopulations de H. triarthrus et M. mozambicus a été évaluée à partir de 220 spécimens par espèce collectés sur trois sites au Mozambique (Bazaruto A, Boa Paz et Inhaca), deux sites dans l'ouest de Madagascar (Morombe et Tulear) et un site dans l'est de l'Afrique du Sud (Durban). Deux fragments de la région mitochondriale ont été amplifiés en utilisant les amorces universelles de la sous-unité ribosomale 16S (16S) et de la sous-unité I de la cytochrome oxydase mitochondriale (COI). De H. triarthrus, des fragments de 569 paires de bases (pb) (16S) et 1300 pb (COI) ont été amplifiés. Un total de 207 séquences (16S) et 151 séquences (COI) ont été récupérées, et 69 et 78 haplotypes ont été identifiés, respectivement. Les gènes 16S et COI de Metanephrops mozambicus ont produit des longueurs de fragment similaires, et 112 (16S) et 127 haplotypes (COI) ont été récupérés.